企业实施员工持股计划主要涉及持股方式、持股对象、税负、行权条件、权利限制等问题，本文主要讨论员工直接持、通过公司持股，以及通过合伙企业持股三种不同持股方式的税负差别。
员工直接持股方式的税负
一、关于所得税
1、限售股转让所得税
根据财政部、国家税务总局《关于个人转让上市公司限售股所得征收个人所得税有关问题的通知》（财税【2009】167号）的规定，自2010年1月1日起，对个人转让限售股取得的所得，按照“财产转让所得”，适用20%的比例税率征收个人所得税。其中，应纳税所得额=限售股转让收入-（股票原值+合理税费）。如果纳税人未能提供完整、真实的限售股原值凭证的，不能准确计算限售股原值的，主管税务机关一律按限售股转让收入的15%核定限售股原值及合理税费。因此，员工直接持股时，限售股转让所得税为转让所得的20%，如按核定征收，税率为股权转让收入的20%×（1-15%），即17%。
2、股息红利所得税
根据《个人所得税法》第三条第五款，利息、股息、红利所得税率为20%。根据财政部、国家税务总局《关于实施上市公司股息红利差别化个人所得税政策有关问题的通知》（财税【2012】85号）规定，个人从公开发行和转让市场取得的上市公司股票，持股期限在1个月以内（含1个月）的，其股息红利所得全额计入应纳税所得额；持股期限在1个月以上至1年（含1年）的，暂减按50%计入应纳税所得额；持股期限超过1年的，暂减按25%计入应纳税所得额。对个人持有的上市公司限售股，解禁后取得的股息红利，按照本通知规定计算纳税，持股时间自解禁日起计算；解禁前取得的股息红利继续暂减按50%计入应纳税所得额，适用20%的税率计征个人所得税。
二、关于营业税
1、限售股转让营业税
根据《财政部、国家税务总局关于个人金融商品买卖等营业税若干免税政策的通知》（财税【2009】111号）规定：对个人（包括个体工商户和其他个人）从事外汇、有价证券、非货物期货和其他金融商品买卖业务取得的收入暂免征收营业税。因此，自然人限售股转让不需要缴纳营业税。
2、股息红利营业税
营业税的征收对象为提供应税劳务、转让无形资产或者销售不动产的单位和个人，股息红利不属于营业税的征收范围，因此不需要缴纳营业税。
综上所述，员工直接持股时：
（1）限售股转让的个人所得税税率为20%；如按核定征收，应纳税额为股权转让所得的20%×（1-15%），即实质税率为17%；
（2）股息红利的个人所得税：参见上文的不同情况。
通过公司持股方式的税负
一、关于所得税
1、限售股转让所得税
公司转让限售股时，公司按25%的税率缴纳企业所得税，公司向自然人股东分红时，自然人股东按20%的税率缴纳个人所得税。因此，在不考虑税负优惠和税负筹划的前提下，税率为1-（1-25%）（1-20%）=40%。如合理避税，税率可以适当降低，但一般限售股转让金额都比较大，因此要大幅降低实际税负比较困难。
2、股息红利所得税
上市公司分红时，根据《中华人民共和国企业所得税法》第二十六条的规定，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益为免税负入。根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》的相关规定，企业所得税法第二十六条第（二）项所称符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，是指居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益。因此，员工持股平台公司从上市公司取得分红时不需要缴纳企业所得税。员工持股平台公司分红时，自然人股东需要缴纳20%的个人所得税。
二、关于营业税
1、限售股转让营业税
根据《财政部、国家税务总局关于个人金融商品买卖等营业税若干免税政策的通知》（财税【2009】111号）规定：“对个人（包括个体工商户和其他个人）从事外汇、有价证券、非货物期货和其他金融商品买卖业务取得的收入暂免征收营业税。”公司不属于个人的范畴，不符合上述免征营业税的条件。所以，目前公司股票转让收入需要交营业税，税目是金融保险业，税率5%。
2、股息红利营业税
营业税的征收对象为提供应税劳务、转让无形资产或者销售不动产的单位和个人，股息红利不属于营业税的征收范围，因此不需要缴纳营业税。
综上所述，自然人通过公司间接持股时：
（1）公司转让限售股的税率：首先，股票转让时，公司需缴纳5%的营业税，对应的城市维护建设费（按7%计算）和教育费附加（按中央3%和地方2%计算）按照应纳营业税额的12%计算，即营业税及附加税为5.6%；公司取得股票转让收入扣除相应成本之后，按25%的税率缴纳企业所得税；公司向自然人股东分红时，自然人股东按20%的税率缴纳个人所得税。因此，在不考虑税负优惠和税负筹划的前提下，自然人通过公司转让限售股最终承担的税率为1-（1-5.6%）×（1-25%）×（1-20%）=43.36%；
（2）上市公司分红时，员工持股平台公司向员工股东分红的个人所得税税负为20%。
实践中，公司可以通过一些成本费用降低应纳税所得额，降低实际税负。但限售股转让金额一般较大，大幅降低限售股转让的实际税负难度较大。
通过合伙企业持股方式的税负
一、自然人作为合伙人的个人所得税问题
1、限售股转让所得税
根据《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税【2000】91号），个人独资企业和合伙企业每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%~35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。前款所称收入总额，是指企业从事生产经营以及与生产经营有关的活动所取得的各项收入，包括商品（产品）销售收入、营运收入、劳务服务收入、工程价款收入、财产出租或转让收入、利息收入、其他业务收入和营业外收入。
按此规定，合伙企业转让限售股时，自然人合伙人按5%至35%的累进税率征收个人所得税。
2、股息红利所得税
根据《关于<国家税务总局关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定>执行口径的通知》（国税函【2001】84号），合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入合伙企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。
根据《个人所得税法》第三条第五款，利息、股息、红利所得税率为百分之二十。因此，自然人通过合伙企业持股时，从上市公司取得的股息红利的个人所得税税率为20%。
二、关于营业税
1、限售股转让营业税
《营业税暂行条例实施细则》第十八条规定：条例第五条第（四）项所称外汇、有价证券、期货等金融商品买卖业务，是指纳税人从事外汇、有价证券、非货物期货和其他金融商品买卖业务。《财政部、国家税务总局关于个人金融商品买卖等营业税若干免税政策的通知》（财税【2009】111号）规定：对个人（包括个体工商户和其他个人）从事外汇、有价证券、非货物期货和其他金融商品买卖业务取得的收入暂免征收营业税。合伙企业与个人独资企业不属于个人的范畴，不符合上述免征营业税的条件。所以，目前合伙企业限售股转让需要交营业税，税目是金融保险业，税率5%。
2、股息红利营业税
营业税的征收对象为提供应税劳务、转让无形资产或者销售不动产的单位和个人，股息红利不属于营业税的征收范围，因此不需要缴纳营业税。
综上所述，自然人通过合伙企业持股时：
（1）合伙企业转让限售股时，合伙企业缴纳5%的营业税，对应的城市维护建设费（按7%计算）和教育费附加（按中央3%和地方2%计算）按照应纳营业税额的12%计算，即营业税及附加税为5.6%；自然人缴纳5%~35%的所得税，加上营业税及附加，合计税负为10.32%~38.64%；
（2）上市公司分红时，自然人合伙人的所得税税负为20%。
三种持股方式比较
1、员工直接持股：税负最低，限售股转让税率为20%，如按核定征收，应纳税额为股权转让所得的20%×（1-15%），即实际税率为17%。股息红利的个人所得税：参见上文的不同情况。
2、员工通过公司间接持股：税负最高：不考虑税负筹划，股权转让税负43.36%，分红税负20%，比员工直接持股和合伙企业间接持股税负都高；
3、员工通过合伙企业间接持股，相比公司制企业，在税负方面有一定优势，但需要注意公司的纳税时间一般延后，而合伙企业的纳税时间较早，即使不实际分给合伙人也需要纳税；且自然人合伙人的部分收益需按“个体工商户的生产经营所得”的超额累进税率缴纳个人所得税，边际税率较高（可达35%）。
关于新三板
关于通过上述的方式持有新三板挂牌企业股票的，除个人直接持股的股息红利所得外，与前文所述的税负一致，个人直接持股的股息红利所得税负如下：
根据《关于实施全国中小企业股份转让系统挂牌公司股息红利差别化个人所得税政策有关问题的通知》（财税【2014】48号）的相关规定：个人持有全国中小企业股份转让系统挂牌公司的股票，持股期限在1个月以内（含1个月）的，其股息红利所得全额计入应纳税所得额；持股期限在1个月以上至1年（含1年）的，暂减按50%计入应纳税所得额；持股期限超过1年的，暂减按25%计入应纳税所得额。上述所得统一适用20%的税率计征个人所得税。
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