在企业并购重组过程中，特别是股权并购中，目标公司的历史遗留税务问题都将被新股东承继。实务中，可能存在的历史遗留税务问题通常包括：纳税申报不合规、偷税、欠缴税款、税收优惠政策发生变化等。
如果收购方与原股东在收购合同中未涉及历史遗留税务问题处理的事项，由此带来的经济损失只能由新股东承担。因此，企业并购重组中需要对并购对象的历史遗留税务问题进行充分的了解，以下就以三则实际案例说明并购重组中需要重点关注的历史遗留税务问题。
案例一：海外资产收购目标企业历史遗留税务问题
据中海油服公告称，2012年底，其在挪威的子公司COSLDrillingEuropeAS（下称“CDE”）收到挪威税务主管机关的文件，涉及CDE某些子公司的补交税额及罚金，并须缴纳额外税额的利息，累计可能达7.88亿挪威克朗（约合8.72亿元）。消息一出，中海油服A股、H股均应声大跌。汇丰当即下调了对中海油服的评级由“中性”至“减持”，目标价13.4元。
公告指出，上述税款涉及CDE某些子公司在2006年和2007年的经营活动，而中海油服是在2008年9月收购AwilcoOffshoreASA（后更名为CDE）的。2013年11月8日，挪威税务机关下达了最终征税裁定通知，要求补缴所得税约1.75亿挪威克朗（约1.79亿元）。中海油服在此次海外资产收购项目中损失巨大。
案例二：目标企业应收账款坏账损失企业所得税税前扣除
B公司是深圳一家资产管理公司，A公司拟收购B公司100%的股权，并委托律师对其进行税务尽职调查。在调查过程中发现，2012年5月20日，B公司向主管税务机关申报了一笔1.39亿元的应收账款坏账损失，在2011会计年度进行税前扣除企业所得税3400余万元。根据B公司与债务人签署的借款协议及补充协议的约定，债务人应于2009年3月1日之前偿还B公司1.39亿元，B公司承诺免除借款项下的全部利息。其后债务人经营出现问题，已无力偿还债务。B公司称，按照《企业资产损失所得税税前扣除管理办法》（国家税务总局公告2011年第25号）第二十三条的规定，企业逾期三年以上的应收款项在会计上已作为损失处理的，可以作为坏账损失，但应说明情况，并出具专项报告。公司已向税务主管机关递交了专项申请报告和相关证据材料，就该笔应收账款坏账损失申请税前扣除。
经研究，B公司于2011年度应收账款坏账损失税前扣除不符合税法规定，可能面临补缴税款3400万元及约税款一倍金额滞纳金的风险。后证实，2013年，B公司主管税务机关在对其实施税务稽查时，认为此项扣除不符合税法规定，尚在稽查程序中。
案例三：外商投资企业税收优惠政策适用问题
A公司成立于2005年3月，性质为港澳台与境内合资的有限公司。2009年5月，A公司改制为股份公司，股权结构仍为中外合资，其中位于香港的B公司持有A公司30%的股份，是A公司唯一的境外投资方。2006年3月，经A公司申请，税务机关作出批复，自2006年起，授予A公司企业所得税“两免三减半”的优惠待遇。2013年初，C公司与B公司初步达成了股权转让交易意向，欲收购B公司持有的A公司30%的股份，交易预计在2013年9月完成。
根据《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发[2007]39号）的规定，A公司享受的外商投资企业企业所得税“两免三减半”的减免优惠，优惠办法及年限可享受至期满为止。截至2010年，A公司已过渡适用了“两免三减半”的优惠政策，但如果B公司将其持有A公司的股权一次性完全转让，可能导致不符合税收优惠条件的风险。
《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法》第八条规定，“外商投资企业实际经营期不满十年的，应当补缴已免征、减征的企业所得税税款。”根据《国家税务总局关于外商投资企业和外国企业原有若干税收优惠政策取消后有关事项处理的通知》（国税发[2008]23号）的规定，“两免三减半”的优惠政策与“外商投资企业经营期不低于十年”的条件同时过渡适用，如果已享受“两免三减半”的外商投资企业因自身原因导致其实际经营期限低于十年的，不再享受定期减免的优惠政策，且税务机关有权追溯调整其企业所得税税款。企业将面临补缴高额税款及滞纳金的责任，并最终减损投资方的权益。
做好税务尽职调查，控制税务风险
在并购重组前，开展税务尽职调查是防范历史遗留税务问题的主要途径。
由于各个行业、企业的税务问题不一，税务尽职调查的侧重点也有所不同。例如：房地产行业需重点关注土地增值税预缴和清算、企业所得税预缴和清算、收入确认等问题；工业生产企业需重点关注免税进口设备、出口环节增值税退税、税务优惠的适用性等问题；消费品行业需重点关注消费税、广告宣传费用抵扣限额、礼品赠送、视同销售等问题；科技企业需重点关注高新资格认定、转让定价安排等问题。
开展税务尽职调查的积极作用还突出表现在，可以发现潜在的致命税务缺陷，判断是否继续交易进程；发现潜在的问题，制定交易前后相应的应对措施；分析目标公司真实的盈利能力、现金流、资产质量；发现目标公司未来税务优化的机遇。
税务尽职调查可以为投资方决策、为交易谈判提供协助，特别是：（1）全面审查、匡算历史税务风险，以确定对交易价格的影响；（2）对目前税务情况的延续性进行分析，以协助未来盈利预测或财务模型分析；（3）并购协议中，应确保充分的税务保证和赔偿条款。
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