一、2016年9月1日起，修订后的《出口退（免）税企业分类管理办法》开始施行。
为更好地发挥分类管理的导向作用，支持外贸新业态发展，促进外贸回稳向好，税务总局对原《出口退（免）税企业分类管理办法》（国家税务总局公告2015年第2号发布）进行了完善，制发了《国家税务总局关于发布修订后的<出口退（免）税企业分类管理办法>的公告》（简称《新办法》）。与《原办法》相比，《新办法》一是区分不同外贸业态设定一类企业标准；二是适当提高一类企业占比，适度降低了一类企业的准入门槛；三是将外贸综合服务企业评定为一类企业的净资产比例标准降低至大于30%；四是在分类管理上进一步强化了对诚信企业的联合激励和对失信企业的惩戒措施；五是《新办法》将二类、三类企业申报退税的审核办理时限，由原来的20个工作日分别缩短至10个工作日、15个工作日。
二、2016年9月1日起，内销选择性征收关税政策在扩大试点地区正式施行。
为贯彻落实《国务院关于促进外贸回稳向好的若干意见》（国发﹝2016﹞27号）中“在自贸试验区的海关特殊监管区域积极推进选择性征收关税政策先行先试，及时总结评估，在公平税负原则下适时研究扩大试点”的要求，财政部、海关总署、国家税务总局联合发布通知规定：将内销选择性征收关税政策试点扩大到天津、上海、福建、广东四个自贸试验区所在省（市）的其他海关特殊监管区域（保税区、保税物流园区除外），以及河南新郑综合保税区、湖北武汉出口加工区、重庆西永综合保税区、四川成都高新综合保税区和陕西西安出口加工区5个海关特殊监管区域。该通知自2016年9月1日起执行。
内销选择性征收关税政策，是指对海关特殊监管区域内企业生产、加工并经“二线”内销的货物，根据企业申请，按其对应进口料件或按实际报验状态征收关税，进口环节增值税、消费税照章征收。企业选择按进口料件征收关税时，应一并补征关税税款缓税利息。
三、2016年9月1日起，玉米深加工产品出口退税率恢复至13%。
经国务院批准，自2016年9月1日起，将玉米淀粉、酒精等玉米深加工产品的增值税出口退税率恢复至13%。玉米深加工产品清单见附件。上述货物适用的出口退税率，以出口货物报关单上注明的出口日期界定。
四、动漫企业进口动漫开发生产用品，免征进口关税及进口环节增值税。
经国务院批准，为推动我国动漫产业健康快速发展，支持产业升级优化，“十三五”期间继续实施动漫企业进口动漫开发生产用品税收政策。自2016年1月1日至2020年12月31日，经国务院有关部门认定的动漫企业自主开发、生产动漫直接产品，确需进口的商品可享受免征进口关税及进口环节增值税的政策。
五、营改增试点期间，高校学生公寓和食堂免征增值税。
经国务院批准，目前继续执行高校学生公寓和食堂的有关税收政策，即自2016年1月1日至2018年12月31日，对高校学生公寓免征房产税；对与高校学生签订的高校学生公寓租赁合同，免征印花税；对按照国家规定的收费标准向学生收取的高校学生公寓住宿费收入，自2016年1月1日至2016年4月30日，免征营业税；自2016年5月1日起，在营改增试点期间免征增值税；对高校学生食堂为高校师生提供餐饮服务取得的收入，自2016年1月1日至2016年4月30日，免征营业税；自2016年5月1日起，在营改增试点期间免征增值税。
六、税务总局取消纳税人的增值税专用发票发生被盗、丢失时必须统一在《中国税务报》上刊登“遗失声明”的规定。
为方便纳税人，2016年7月28日，税务总局发布《关于被盗、丢失增值税专用发票有关问题的公告》（国家税务总局公告[2016]50号），决定取消纳税人的增值税专用发票发生被盗、丢失时必须统一在《中国税务报》上刊登“遗失声明”的规定。本公告自发布之日起施行。
七、税务总局进一步明确保险机构代收车船税开具增值税发票问题。
考虑保险机构营改增后收取保费时将开具增值税发票，为不改变现有的操作办法，最大程度上减少对纳税人的影响，国家税务总局发布了《关于保险机构代收车船税开具增值税发票问题的公告》，对车船税征管中有关发票问题进行了明确。
自2016年5月1日起，保险机构作为车船税扣缴义务人在开具增值税发票时，应在增值税发票备注栏中注明代收车船税税款信息。具体包括：保险单号、税款所属期（详细至月）、代收车船税、滞纳金、合计等。该增值税发票可作为缴纳车船税及滞纳金的会计核算原始凭证。
八、收费公路通行费的增值税抵扣办法继续执行。
为保证营业税改征增值税试点的平稳运行，财政部、国家税务总局联合发布《关于收费公路通行费增值税抵扣有关问题的通知》（财税〔2016〕86
号），继续执行财税【2106】47文中公路通行费的抵扣办法，自2016年8月1日起执行，停止执行时间另行通知。即增值税一般纳税人支付的道路、桥、闸通行费，暂凭取得的通行费发票（不含财政票据）上注明的收费金额按照下列公式计算可抵扣的进项税额：
高速公路通行费可抵扣进项税额＝高速公路通行费发票上注明的金额÷（1+3%）×3%
一级公路、二级公路、桥、闸通行费可抵扣进项税额＝一级公路、二级公路、桥、闸通行费发票上注明的金额＊（1+5%）×5%
九、税务总局明确8个营改增重要征管问题，
9月1日起执行。
自2016年5月1日全面推开营改增以来，国家税务总局从纳税人、行业主管部门、行业协会以及税务机关等多渠道，陆续接到一些需要进一步予以明确的问题。近日税务总局制定了《国家税务总局关于营改增试点若干征管问题的公告》，就有关问题予以明确：
（一）不属于在境内销售服务或无形资产的若干情形
将境外单位和个人向境内销售的完全在境外发生的服务、完全在境外使用的无形资产，排除在征税范围之外，明确了不属于在境内销售服务或无形资产的若干情形。
（二）其他个人出租不动产适用小微企业免税政策口径
明确了其他个人采取预收款形式出租不动产，对一次性收取多月的租金，可在对应的租赁期内平均分摊并判断是否超过3万元，适用小微企业免税政策。
（三）关于预付卡增值税问题
明确了单用途预付卡和多用途预付卡业务各环节发票使用等操作问题。
（四）关于限售股转让的销售额确定问题
明确了单位转让其持有的限售股，如何确定买入价的问题。
（五）关于贷款服务的纳税义务发生时间问题
纳税人提供贷款服务，一般按月或按季结息。公告明确了纳税人结息日确认的利息收入如何确定增值税纳税义务发生时间问题。
（六）关于增值税纳税期限问题
明确了纳税人销售货物或服务，按规定有一项增值税应税行为可以按季纳税的，其兼营的其他增值税应税行为、消费税应税行为，均可一并按季纳税。
（七）关于调整建筑服务预缴税款提供资料的问题
调整异地提供建筑服务预缴税款时需要的资料清单，明确纳税人办理预缴手续时，不再需要提供合同原件，只需出示加盖公章的合同复印件即可。
（八）关于细化和完善《商品和服务税收分类与编码》
为便于纳税人开票，对《商品和服务税收分类与编码》进行了细化和完善：一是按照营改增行业税负分析的细分行业类别，进一步细分了部分服务的分类与编码；二是新增了“未发生销售行为的不征税项目”编码。
本公告自2016年9月1日起施行，此前已发生未处理的事项，按照本公告规定执行。2016年5月1日前，纳税人发生本公告第二、五、六条规定的应税行为，此前未处理的，比照本公告规定缴纳营业税。
九、物业公司收取自来水水费差额扣除后按3%简易征收。
2016年5月1日全面推开营改增以来，物业公司提供物业服务时代收水费，若按适用税率征收增值税可能导致税负上升，为稳定营改增后物业公司税负水平，经研究，税务总局制发公告，对于物业公司收取的自来水水费给予一定的特殊政策安排：
即提供物业管理服务的纳税人，向服务接受方收取的自来水水费，以扣除纳税人支付的自来水水费后的余额为销售额，按照简易计税方法依3%的征收率计算缴纳增值税。同时，纳税人可以按3%向服务接受方开具增值税专用发票。
相关文件：
1、国家税务总局关于发布修订后的《出口退（免）税企业分类管理办法》的公告（国家税务总局公告2016年第46号）；
2、财政部海关总署国家税务总局关于扩大内销选择性征收关税政策试点的通知（财关税〔2016〕40号）；
3、关于恢复玉米深加工产品出口退税率的通知（财税〔2016〕92号）；
4、关于动漫企业进口动漫开发生产用品税收政策的通知（财关税[2016]36号）；
5、关于继续执行高校学生公寓和食堂有关税收政策的通知（财税[2016]82号）；
6、关于被盗、丢失增值税专用发票有关问题的公告（国家税务总局公告[2016]50号）；
7、关于保险机构代收车船税开具增值税发票问题的公告（国家税务总局公告[2016]51号）；
8、《关于收费公路通行费增值税抵扣有关问题的通知》（财税〔2016〕86
号）；
9、《关于营改增试点若干征管问题的公告》（国家税务总局公告2016年第53号）；
10、《关于物业管理服务中收取的自来水水费增值税问题的公告》（国家税务总局公告2016年第54号）。
