鉴于《办法》对减免税管理的规定较为原则，《办法》规定，单个税种的减免税核准备案管理制度可以另行制定。记者在采访中了解到，另行制定单个税种的减免税核准备案管理制度很有必要，否则纳税人办理减免税核准、备案会遇到障碍。
比如，《办法》第五条规定：“纳税人享受备案类减免税，应当具备相应的减免税资质，并履行规定的备案手续。”这其中的“减免税资质”是指什么?企业如何取得?与以前相比是否有变化?
目前，纳税人申请享受税收优惠政策，很多都需要取得相关资质。比如享受高新技术企业优惠政策，需要取得科技部门颁发的《高新技术企业证书》;享受软件产品即征即退优惠政策，需要取得经济和信息化委员会颁发的《软件产品登记证书》或着作权行政管理部门颁发的《计算机软件着作权登记证书》;享受福利企业即征即退优惠政策，则需要取得民政部门认定的资质，等等。
以软件产品增值税即征即退政策为例，取得经信委对软件产品的认定即其印发的《软件产品登记证书》，是享受此项政策的必备条件之一。而从今年2月起，作为响应国家简政放权号召的一项措施，经信委已将此证书取消。在《软件产品登记证书》取消的情况下，纳税人该如何办理备案?这需要增值税减免税管理制度作出更详细的规定。
另外，《办法》第五条取消了原《办法》第五条规定“纳税人未按规定备案的，一律不得减免税。”同时，《办法》第十四条规定：“备案类减免税的实施可以按照减轻纳税人负担、方便税收征管的原则，要求纳税人在首次享受减免税的申报阶段在纳税申报表中附列或附送材料进行备案，也可以要求纳税人在申报征期后的其他规定期限内提交报备资料进行备案。”
这个“申报征期后的其他规定期限内”容易让人产生歧义。假设纳税人未在规定期限内备案，税务机关应如何处理?如果税务机关不允许该纳税人享受优惠政策，税收法规没有支撑，因为《办法》没有对此明确规定。如果税务机关允许该纳税人享受优惠政策，那就意味着纳税人何时办理备案都可以，无所谓规定的期限内外之分，只要在注销前备案即可，这又与《办法》第十四条产生矛盾。这些问题如何解决，也需要更细的操作规定。
